Le temple de Kom Ombo date de la dynastie ptolémaïque et a été principalement construit entre 180 et 145 av. J.-C. sous le règne de Ptolémée VI. Certaines extensions et décorations datent d'époques ultérieures. Le temple se dresse de manière pittoresque sur un promontoire rocheux dans un coude du Nil, non loin du centre-ville de Kom Ombo (à environ 45 kilomètres au nord d'Assouan), où, dans l'Antiquité, des crocodiles sacrés prenaient le soleil au bord du fleuve. Unique en Égypte, il est dédié à deux divinités : le côté ouest était consacré au dieu crocodile local Sobek et le côté est au dieu Horus à tête de faucon. La double dédicace du temple se reflète dans son plan : parfaitement symétrique le long de l'axe principal du temple, il y a deux entrées, deux salles hypostyles reliées entre elles avec des sculptures des deux dieux de chaque côté et deux sanctuaires.

Outre le double temple, on trouve également sur le site un temple Hathor inachevé mais bien conservé, un nilomètre antique ainsi qu'un petit musée intéressant consacré aux crocodiles et aux momies de crocodiles.